Adaptation originale du roman de James Clavell, le Shogun produit par FX se déroule au Japon en l'an 1600, à l'aube d'une guerre civile qui a marqué son siècle. Le seigneur Yoshii Toranaga lutte pour sa survie alors que ses ennemis au sein du Conseil des régents se liguent contre lui. Lorsqu'un mystérieux navire européen est retrouvé échoué dans un village de pêcheurs voisin, John Blackthorne, son pilote anglais, arrive avec des secrets qui pourraient aider Toranaga à faire pencher la balance du pouvoir et qui pourraient mettre à mal la formidable influence des ennemis de Blackthorne : les prêtres jésuites et les marchands portugais. Les destins de Toranaga et de Blackthorne se lient de manière inextricable à leur traductrice, Toda Mariko, une mystérieuse femme de la noblesse chrétienne, dernière d'une lignée en disgrâce. Tout en étant au service de son seigneur dans ce paysage politique tendu, Mariko doit concilier sa nouvelle amitié avec Blackthorne, son engagement envers la foi qui l'a sauvée et son devoir envers son défunt père.